В вопросе не достаточно информации о виде грибка (фото?). Нельзя определить чем болеет дерево и способы его лечения. Для профилактики и лечения грибковых заболеваний на фруктовых деревьях обычно опрыскиывают фруктовые деревья, в том числе и яблоню 3-4%, а после цветения 1% бордосской жидкостью.