Причины могут быть самые разные. Это перепад температуры, с жары на холод или наоборот. Если стоит жаркая солнечная погода - то нужно обязательно проветривать теплицу. Причиной может быть недостаток микроэлементов - подкормите перец золой. Перец любит влагу - поливайте обильно рассаду, вода должна быть теплая.