Как правило, в фундаменте делают лишь два вентиляционных отверстия, располагая их со стороны преобладающих ветров. Разумеется, вентиляция должна быть сквозной, то есть если под домом лента фундамента проходит под несущими стенами, то в ней тоже должно быть проделано отверстие. Такая система эффективно работает, если от пола до земли не меньше 1 м. В вашем же случае придется перфоратором пробить в фундаменте еще два отверстия, чтобы подполье лучше вентилировалось. В итоге с каждой стороны дома должно быть по одному отверстию. Только учтите, что пол в доме нужно будет утеплить более тщательно.
Кроме того, я бы рекомендовал срезать слой дерна под домом и засыпать подполье 5-сантиметровым слоем песка. Застилать же подполье рубероидом ни к чему.
Чтобы в доме не появлялся запах гнили, все деревянные детали - и доски, и лаги - нужно обработать трудновымываемым антисептиком для сложных условий или битумной (резино-битумной) мастикой.