Смотря, какой грибок. Бывает серый или оранжевый грибок - это лишайники. Если их не очень много, то можно зачистить кору до живой ткани, обработать эти места раствором медного или железного купороса и замазать садовым варом.

Есть ещё один хороший совет в борьбе с этим паразитом: ранней весной, до начала сокодвижения, яблони можно обработать с опрыскивателя 3% раствором железного купороса (в запущенном состоянии 5%). После этого лишайники усыхают и сами со временем отваливаются.

А бывает и чёрный грибок - это чёрный рак, который не лечится ничем. Дерево погибает в течение трёх лет.